Флинн также заявил, что гораздо больше обеспокоен утечками в СМИ секретных сведений, в частности, о переговорах политиков. Подобные действия он назвал уголовным преступлением. «В некоторых случаях речь идет о вещах, которые были вынесены за пределы засекреченной системы и переданы журналистам. Это преступление», — подчеркнул Флинн.
13 февраля президент США Дональд Трамп принял заявление Флинна об отставке с должности советника по национальной безопасности. В документе тот указал, что не полностью проинформировал вице-президента Майка Пенса и других представителей Белого дома о своих разговорах с российским послом. Исполняющим обязанности советника назначен генерал в отставке Кит Келлогг.
29 декабря 2016 года администрация Барака Обамы, который тогда был президентом США, объявила о высылке из страны в 72 часа 35 российских дипломатов и членов их семей. В Белом доме утверждали, что это ответная мера «на притеснения американских диппредставителей в Москве со стороны российских властей».